Por ser o berço da agricultura mecanizada em Mato Grosso, bem como pela posição geográfica, Rondonópolis foi um dos precursores no Estado na agregação de valores à produção agrícola, a partir da industrialização dos bens gerados no campo, principalmente a soja.
A maior unidade de industrialização de soja da Bunge no Brasil está em Rondonópolis, inaugurada em 2002 e que já passou por várias ampliações. A unidade local concentra processamento de algodão e de soja, além de refinaria e envase de óleo vegetal.
Outra fábrica tradicional no ramo em Rondonópolis é da ADM, com plantas de processamento de soja, de produção de biodiesel, glicerina e ácidos graxos. A unidade de processamento de grãos em Rondonópolis é apontada como a maior do grupo.
A Cofco também tem uma planta de esmagamento de soja em Rondonópolis, onde também tem uma fábrica de biodiesel. Está sediada no terminal ferroviário, sendo apontada como a maior exportadora de soja de Mato Grosso.
