Rondonópolis tem avançado para se tornar um importante polo educacional do Centro-Oeste do Brasil. O grande avanço na área está ocorrendo com a recente criação da Universidade Federal de Rondonópolis (UFR), oficializada em 20 de março de 2018. A emancipação deve impulsionar a estrutura atual, com cerca de 5.000 alunos, 300 docentes e 87 servidores em 19 cursos de graduação.
Além disso, a cidade passou a contar com um núcleo pedagógico da Universidade do Estado de Mato Grosso (Unemat) e inúmeras instituições privadas de ensino superior, sendo as principais a Unic e Uniasselvi. A rede de ensino é fortalecida com o Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT), com oferta do ensino médio e ensino superior, e a Escola Técnica Estadual de Rondonópolis, com cursos de qualificação profissional. Também há unidades de qualificação do Senai, Senac e Senat.
O número de alunos matriculados na rede básica de ensino de Rondonópolis em 2017 era de 54.222 pessoas, segundo o Perfil Rondonópolis 2018, da Associação Comercial (ACIR). Vale dizer que Rondonópolis possui o quarto maior Índice de Desenvolvimento Humano (IDHM) de Mato Grosso, em 0,750 (2010), considerado uma faixa de desenvolvimento alta. No período de 2000 a 2010, o setor que mais cresceu foi a educação, de 0,492 para 0,698.